扶正和祛邪是相互联系的两个方面，扶正是为了祛邪，通过增强正气的办法，祛邪外出，从而恢复健康，即所谓“正复邪自去”。祛邪是为了扶正，消除致病原因的损害而达到保护正气，恢复健康的目的，即所谓“邪去正自安”。扶正与祛邪是相辅相成的两个方面。因此运用扶正祛邪的治则时，要认真剖析正邪力量的对比状况，分清主次，决定是扶正还是祛邪，或决定扶正祛邪的先后。通常情况下，扶正用于虚证，祛邪用于实证，若属虚实错杂证，则应扶正祛邪并用，但这种兼顾并非扶正与祛邪各半，乃是要分清虚实的主次缓急，以决定扶正祛邪的主次和先后。总之，应以“扶正不致留邪，祛邪不致伤正”为原则。临床运用扶正祛邪这一原则，要细致地察看邪正消长的状况，依据正邪双方在疾病过程中所处的不同地位，分清主次和先后，灵活地运用。具体状况如下：
1.扶正适用于以正虚为矛盾主要方面的虚证。如气虚、阳虚证，宜采取补气、壮阳法治疗；阴虚、血虚证，宜采取滋阴、养血法治疗。
2.祛邪适用于以邪实为矛盾主要方面的实证。临床上常见的汗法、吐法、下法、清热、利湿、消导、行气、活血等法，都是在这一原则指导下，依据邪气的不同状况拟定的。
3.先祛邪后扶正即先攻后补。在正虚邪实的虚实错杂证中，正气虽虚尚耐攻伐，好似时扶正反会留邪，此时宜先祛邪而后扶正。如瘀血所致的崩漏证，因瘀血不去，出血不止，故应先活血化瘀，然后再行补血。
4.先扶正后祛邪即先补后攻。适应于正虚为主，机体不可以耐受攻伐的虚实错杂证。此时兼顾祛邪反会更伤正气，故当先扶正以助正气，正气能耐受攻伐时再予以祛邪。如鼓胀病，当正气虚衰为矛盾的主要方面，正气虚不耐攻伐时，需要先扶正，待正气适合恢复，能耐受攻伐时再泻其邪，才不致发买卖外事故。
5.扶正与祛邪并用即攻补兼施。适用于不可以单纯祛邪或单纯扶正的虚实错杂证。此时单祛邪会伤正，单扶正会留邪。因为虚实有主次之分，因而攻补同用时亦有主次之别。是扶正兼祛邪，即扶正为主，辅以祛邪，适用于以正虚为主的虚实错杂证；一是祛邪兼扶正，即祛邪为主，辅以扶正，适用于以邪实为主的虚实错杂证。比如气虚感冒，如以气虚为主，单补正易恋邪，则应以补气为主兼解表；若以邪实为主，单攻邪易伤正，此时治当以祛邪为主兼扶正。
